ในกรณีที่คณะรัฐมนตรีมีมติมอบหมายให้นายกรัฐมนตรีหรือรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศไปลงนามในร่างความตกลงหุ้นส่วนเศรษฐกิจระหว่างประเทศไทยกับประเทศอื่น ๆ เป็นการใช้อำนาจทางบริหารตามรัฐธรรมนูญและเป็นการกระทำการในเรื่องความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ
ดังนั้น ในกรณีนี้คณะรัฐมนตรีไม่ได้กระทำการในฐานะเจ้าหน้าที่ของรัฐ ตามบทนิยามคำว่าเจ้าหน้าที่ของรัฐใน พ.ร.บ. จัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ.2542 มาตรา 3 คดีพิพาทจึงไม่ได้เกิดจากการใช้อำนาจทางปกครอง จึงไม่ใช่คดีปกครองและไม่อยู่ในอำนาจพิจารณาพิพากษาของศาลปกครอง
คําสั่งศาลปกครองสูงสุดที่ 178/2550 คดีนี้ผู้ฟ้องคดีทั้งห้า ฟ้องว่ากระบวนการดำเนินการเพื่อลงนามความตกลงหุ้นส่วนเศรษฐกิจไทย – ญี่ปุ่น (JTEPA) ขั้นตอนต่าง ๆ ที่ผู้ถูกฟ้องคดีทั้งห้าได้กระทำมาแล้ว อันได้แก่การรับฟังความคิดเห็นของประชาชนเกี่ยวกับผลกระทบของความตกลงดังกล่าวในด้านต่าง ๆ มติของผู้ถูกฟ้องคดีที่ 4 ที่ให้เสนอร่างความตกลงดังกล่าวต่อสภานิติบัญญัติแห่งชาติเพื่อให้มีการเปิดอภิปรายทั่วไปในที่ประชุมของสภานิติบัญญัติแห่งชาติโดยไม่ลงมติตามมาตรา 12 ของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย (ฉบับชั่วคราว) พุทธศักราช 2549 และมติของผู้ฟ้องคดีที่ 4 เมื่อวันที่ 27 มีนาคม 2550 ที่เห็นชอบให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 5 และผู้แทนการเจรจารวมตลอดถึงคณะบุคคลที่เกี่ยวข้องกับการลงนามความตกลงดังกล่าวดำเนินการลงนามระหว่างวันที่ 2 – 4 เมษายน 2550 เป็นไปโดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย
โดยมีคำขอให้ศาลปกครองพิพากษาหรือมีคำสั่งให้ผู้ถูกฟ้องคดีทั้งห้าจัดให้มีการเริ่มต้นรับฟังความคิดเห็นของประชาชนกรณีความตกลงดังกล่าวตามกระบวนการของกฎหมายอย่างเคร่งครัด และให้การรับฟังความคิดเห็นของประชาชนเมื่อวันที่ 22 ธันวาคม 2549 เป็นโมฆะ ให้มติของผู้ถูกฟ้องคดีที่ 4 ที่ให้เสนอร่างความตกลงดังกล่าวต่อสภานิติบัญญัติแห่งชาติเพื่อให้มีการอภิปรายทั่วไปในที่ประชุมของสภานิติบัญญัติแห่งชาติโดยไม่ลงมติเป็นโมฆะ ให้มติของผู้ถูกฟ้องคดีที่ 4 เมื่อวันที่ 27 มีนาคม 2550 ที่เห็นชอบให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 5 และผู้แทนการเจรจารวมตลอดถึงคณะบุคคลที่เกี่ยวข้องกับการลงนามความตกลงดังกล่าวดำเนินการลงนามระหว่างวันที่ 2 – 4 เมษายน 2550 เป็นโมฆะ และให้ระงับการลงนามดังกล่าว และให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 4 และผู้ถูกฟ้องคดีที่ 5 ดำเนินการสอบสวนผู้ถูกฟ้องคดีที่ 2 และผู้ถูกฟ้องคดีที่ 3 และบุคคลอื่นที่ร่วมกันกระทำโดยไม่ชอบด้วยกฎหมายเกี่ยวกับความตกลงดังกล่าว
แต่เมื่อได้พิจารณาคำฟ้องโดยตลอดแล้วเห็นได้ว่าผู้ฟ้องคดีทั้งห้ามีความประสงค์อันแท้จริงที่จะให้ศาลปกครองพิจารณาหรือมีคำสั่งว่า มติของผู้ถูกฟ้องคดีที่ 4 เมื่อวันที่ 27 มีนาคม 2550 ที่เห็นชอบให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 5 และผู้แทนการเจรจารวมตลอดถึงคณะบุคคลที่เกี่ยวข้องกับการลงนามความตกลงหุ้นส่วนเศรษฐกิจไทย – ญี่ปุ่นดำเนินการลงนามระหว่างวันที่ 2 – 4 เมษายน 2550 เป็นโมฆะ และให้ระงับการลงนามความตกลงดังกล่าวเพื่อจะได้เริ่มต้นกระบวนเกี่ยวกับความตกลงดังกล่าวใหม่ เป็นสำคัญ
โดยที่ในการมีมติเมื่อวันที่ 27 มีนาคม 2550 เห็นชอบให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 5 และผู้แทนการเจรจารวมตลอดถึงคณะบุคคลที่เกี่ยวข้องกับการลงนามความตกลงหุ้นส่วนเศรษฐกิจไทย – ญี่ปุ่นดำเนินการลงนามระหว่างวันที่ 2 – 4 เมษายน 2550 นั้นเป็นกรณีที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 4 ใช้อำนาจทางบริหารของรัฐตามรัฐธรรมนูญกระทำการในความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ มิใช่กรณีที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 4 ใช้อำนาจทางบริหารของรัฐตามพระราชบัญญัติหรือกฎหมายอื่นที่มีผลใช้บังคับดังเช่นพระราชบัญญัติ ออกกฎ คำสั่ง หรือการกระทำอื่นใดเพื่อให้การดำเนินกิจการทางปกครองตามที่กฎหมายดังกล่าวกำหนดบรรลุผล
คดีนี้จึงมิใช่คดีพิพาทที่อยู่ในอำนาจพิจารณาพิพากษาของศาลปกครอง ที่ศาลปกครองชั้นต้นมีคำสั่งไม่รับคาฟ้องคดีนี้ไว้พิจารณาและให้จำหน่ายคดีออกจากสารบบความนั้นชอบแล้ว ศาลปกครองสูงสุดเห็นพ้องด้วย