เมื่อพิจารณาพระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติราชการทางปกครอง พ.ศ. 2539 ได้กำหนดเรื่องความบกพร่องของคำสั่งทางปกครองและผลของคำสั่งทางปกครองที่มีความบกพร่องไว้หลายกรณีดังนี้
1. คำสั่งทางปกครองที่ออกมาโดยมีความบกพร่องผิดพลาดอย่างชัดแจ้งและร้ายแรงถึงขนาดที่เป็นโมฆะ คือ คำสั่งทางปกครองเสียเปล่าและไม่มีผลใดๆมาตั้งแต่ต้น ในทางกฎหมายถือเสมือนว่าไม่มีการออกคำสั่งทางปกครอง เป็นผลให้ไม่ผูกพันเจ้าหน้าที่ผู้ออกคำสั่งและผู้รับคำสั่งทางปกครองไม่อาจอ้างสิทธิตามคำสั่งนั้นได้
2. คำสั่งทางปกครองที่ออกมาโดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย แต่มิได้มีความบกพร่องผิดพลาดอย่างชัดแจ้งและร้ายแรง เป็นคำสั่งทางปกครองที่บกพร่องในเนื้อหาที่ยังมีผลใช้บังคับทางกฎหมายจนกว่าจะถูกเพิกถอน ตามมาตรา 42 วรรคสอง แห่งพระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติราชการทางปกครอง พ.ศ. 2539
3. คำสั่งทางปกครองที่ออกมาโดยมีความบกพร่องในวิธีพิจารณา เป็นการบกพร่องที่มีการฝ่าฝืนหรือไม่ปฏิบัติตามหลักเกณฑ์หรือเงื่อนไขเกี่ยวกับขั้นตอนของการทำคำสั่ง ทางปกครองหรือเงื่อนไขเกี่ยวกับรูปแบบของคำสั่งทางปกครอง ไม่ใช่ความบกพร่องในเนื้อหาของคำสั่งทางปกครอง เมื่อเนื้อหาของคำสั่งทางปกครองชอบด้วยกฎหมาย คำสั่งทางปกครองที่ไม่สมบูรณ์ดังกล่าวจึงสามารถแก้ไขข้อบกพร่องได้ตามมาตรา 41 แห่งพระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติราชการทางปกครอง พ.ศ. 2539
4. คำสั่งทางปกครองที่มีความบกพร่องเล็กน้อยไม่กระทบถึงเนื้อหาหรือความสมบูรณ์ของคำสั่งทางปกครอง เจ้าหน้าที่สามารถแก้ไขเพิ่มเติมให้ถูกต้องได้เสมอ เช่น การพิมพ์ผิดพลาดหรือผิดหลงเล็กน้อยตามมาตรา 43 แห่งพระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติราชการทางปกครอง พ.ศ. 2539